專項(xiàng)資金是指具有專門(mén)用途的資金，是國(guó)家為了發(fā)展、扶持某項(xiàng)事業(yè)而專門(mén)設(shè)立的。專項(xiàng)資金反映了國(guó)家在一段時(shí)期內(nèi)對(duì)經(jīng)濟(jì)的調(diào)控、扶持政策，一般具有較強(qiáng)的政策性和時(shí)效性。比如在1998年用于抗洪救災(zāi)。對(duì)專項(xiàng)資金進(jìn)行審計(jì)，應(yīng)該是對(duì)專項(xiàng)資金使用項(xiàng)目從立項(xiàng)到驗(yàn)收等全過(guò)程進(jìn)行監(jiān)督。也就是說(shuō)，應(yīng)該監(jiān)督項(xiàng)目的立項(xiàng)、設(shè)計(jì)、申報(bào)、資金劃撥、工程施工、峻工驗(yàn)收等所有環(huán)節(jié)。審計(jì)部門(mén)對(duì)專項(xiàng)資金的審計(jì)，是落實(shí)國(guó)家政策，保障專項(xiàng)資金安全的重要手段之一。但是，審計(jì)人員也常常發(fā)現(xiàn)，目前專項(xiàng)資金在使用過(guò)程中一般存在著截留、擠占、挪用、設(shè)小金庫(kù)等問(wèn)題，往往造成工程質(zhì)量不達(dá)標(biāo)、資金使用效益不佳、滋生腐敗后果。為了查處違紀(jì)行為，預(yù)防犯罪，充分發(fā)揮審計(jì)職責(zé)，可采取以下幾種方法：項(xiàng)目跟蹤審查法（看是否截留）專項(xiàng)資金是根據(jù)具體項(xiàng)目經(jīng)過(guò)專項(xiàng)審批后設(shè)立的。資金既是檢查的重點(diǎn)，又是專項(xiàng)資金活動(dòng)的具體體現(xiàn)。

在審計(jì)過(guò)程中，有必要對(duì)項(xiàng)目從開(kāi)始立項(xiàng)到資金撥付及使用情況整個(gè)過(guò)程進(jìn)行追蹤審查。要對(duì)照項(xiàng)目審批文件中規(guī)定的資金額度、用途、到位、管理、使用等多個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行核對(duì)。用順查法一步一步、一筆一筆，按照運(yùn)行軌跡審查。雖然工作繁瑣，但只有這樣，才可以全面、有效地判斷資金來(lái)源、到位、撥付和使用等方面是否合規(guī)、合法，從而查清項(xiàng)目資金在整個(gè)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)過(guò)程中存在的問(wèn)題，避免固有的審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)。項(xiàng)目支出審查法專項(xiàng)資金支出審計(jì)是體現(xiàn)資金使用效果的重要環(huán)節(jié)，審計(jì)時(shí)應(yīng)以資金支出為主線，順藤摸瓜。首先要審計(jì)支出憑證，辨別真?zhèn)?。在?duì)其真實(shí)性確定后，再對(duì)其合法性進(jìn)行審計(jì)。

審計(jì)通?？梢酝ㄟ^(guò)內(nèi)查外調(diào)，同時(shí)可以利用對(duì)使用單位進(jìn)行查詢、核對(duì)外調(diào)等方法進(jìn)行查證。如對(duì)農(nóng)民的各種補(bǔ)貼，可深入到農(nóng)戶家中調(diào)查，也可通過(guò)電話查詢，這種辦法行之有效。賬外資金審查法（看是否設(shè)置“小金庫(kù)”）專項(xiàng)資金是很容易被挪用并用來(lái)設(shè)置“小金庫(kù)”的。怎樣才能有效地監(jiān)督這些對(duì)國(guó)計(jì)民生有重大影響的資金呢？如下幾點(diǎn)可供參考：通過(guò)查賬和詢問(wèn)，弄清單位專項(xiàng)資金的開(kāi)戶情況和專項(xiàng)資金總量情況，核對(duì)發(fā)生額之和是否吻合。查專項(xiàng)資金銀行對(duì)賬單與專項(xiàng)資金銀行存款賬期末余額是否一致，著重對(duì)“未達(dá)賬款”進(jìn)行調(diào)整，掌握專項(xiàng)資金的全部情況，以利追根溯源，確保專項(xiàng)資金的安全完整。對(duì)項(xiàng)目施工單位的工程收入進(jìn)行核對(duì)，重點(diǎn)是看是否出具了能夠與項(xiàng)目資金核對(duì)相符的正式發(fā)票，資金是否進(jìn)入單位賬簿，有無(wú)返還或者提供信息費(fèi)、服務(wù)費(fèi)等情況。